Tuy là "dân kỹ thuật", nhưng linh mục Nguyễn Ngọc Sơn lại viết và biên dịch rất nhiều thể loại sách khác nhau như: sách về học thuật Công giáo, sách giáo lý, sách giáo dục nhân cách, sách về thiên nhiên hoa lá để từ đó gửi gắm những tư tưởng sống và nhân văn. Ông kết hợp với nhiều tác giả khác để viết và xuất bản với bút hiệu là Anthony Nguyễn Ngọc Sơn.

Một số tác phẩm

• Tóm lược học thuyết xã hội của Giáo hội Công giáo (cùng với linh mục Phêrô Đặng Xuân Thành)[9]
• Chúa nói với trẻ em (1994)
• Con người mới trong gia đình Thiên chúa (1994)
• Lắng nghe tiếng gọi từ gia đình Nazareth (1994)
• Người mục tử cộng đồng hướng về tương lai (1996)
• Thống nhất đời sống trong Chúa Giêsu Kitô (1997)
• Niên giám Giáo hội Công giáo (2004-2005)

Tập sách Sứ điệp Loài Hoa

Tháng 8 năm 1990, linh mục Nguyễn Ngọc Sơn gặp Tổng Giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình. Giám mục Bình bảo linh mục Sơn phải làm một cái gì đó cho giới trẻ. Linh mục Sơn hứa rằng sẽ viết một tập sách nhỏ về các loài hoa.[5] Mãi 3 năm sau đó, vào tháng 1 năm 1993, cuốn sách mang tên "Sứ điệp các loài hoa" mới được xuất bản và giới trẻ đón nhận một cách nồng nhiệt. Đã có 15.000 cuốn bán hết ngay trong tháng đầu ra mắt. Sách được tiếp tục in thêm 20.000 cuốn trong lần tái bản kế tiếp. Lúc ấy, Tổng Giám mục Phaolô rất vui. Ông đã viết thư xin Sở Văn hoá Thông tin TP.HCM cho phép tái bản lần thứ 2. Tuy nhiên, dù Giám mục Bình đã viết thư đến lần thứ ba để xin phép tái bản nhưng Sở Văn hoá Thông tin đã không trả lời.[10] Một thời gian sau, lý do mới được biết đến. Do sách có bài viết về loài hoa bất tử, nên cuốn sách đã bị liệt vào loại sách cấm.[3][11] Tháng 7 năm 1994, nhờ có sự can thiệp, sách Sứ điệp Loài Hoa lại được tái bản với số lượng 20.000 cuốn; trong đó có 10.000 cuốn song ngữ Anh-Việt.[12] Tập sách không còn bị liệt vào loại sách cấm và được phép tái bản nhiều lần sau đó. Chỉ riêng Toà Tổng Giám mục Tp HCM đã tái bản tới 5 lần và số lượng đạt 145.000 cuốn, không kể số sách in lậu của các nơi khác. Năm 2006, Giám mục Phêrô Nguyễn Văn Nhơn giáo phận Đà Lạt, đã cho làm đĩa hình Sứ điệp Loài Hoa với giọng đọc Anh-Việt của các nhân viên đài Chân lý Á Châu (Veritas in Asia-Philipphines)[11] Đến năm 2016, đã có hơn 150.000 ấn bản cho tập sách này được xuất bản.[10]